Odjel za financijsko upravljanje i osiguranje kvalitete obavlja stručne, analitičke i administrativne poslove u okviru djelokruga Ureda iz područja:
- financijskog upravljanja i kontrole kvalitete u sklopu provedbe projekata i programa za sektor civilnoga društva koji se financiraju iz fondova Europske unije;
- nadzora pravovremenog i namjenskog trošenja sredstava te financijskog izvješćivanja;
- suzbijanja nepravilnosti i prijevara u sustavu provedbe programa Europske unije i sustavu financiranja organizacija civilnoga društva iz nacionalnih izvora, s ciljem zaštite financijskih interesa Europske unije i Republike Hrvatske te izvješćivanja o nepravilnostima i rizicima; osiguranja pravovremene raspoloživosti sredstava iz nacionalnih i europskih izvora na proračunskim pozicijama Ureda te prikupljanja i sastavljanja podataka potrebnih za računovodstvo Nacionalnog fonda;
- osiguranja kvalitete u različitim fazama i postupcima provedbe projekata i programa za sektor civilnoga društva koji se financiraju iz fondova Europske unije, a osobito osiguranja kvalitete programskih dokumenata, pravila i procedura za dodjelu financijskih sredstava organizacijama civilnoga društva, dokumenata i izvještaja koji sadrže podatke o provedbi i stanju napretka provedbe pojedinih projekata i programa te osiguranja kvalitete postupaka i procedura u fazi provedbe;
- osiguranja kvalitete standarda i mjerila provedbe natječajnih postupaka za financiranje organizacija civilnoga društva iz državnog proračuna i drugih javnih izvora;
- pružanja informacija i stručne pomoći na području financijskog upravljanja za potencijalne prijavitelje i provoditelje projekata za sektor civilnoga društva koji se financiraju iz fondova Europske unije;
- ovjeravanja ugovora te izvješćivanja Porezne uprave Ministarstva financija o ostvarenim oslobođenjima od plaćanja poreza na dodanu vrijednost za projekte iz nadležnosti Ureda;
- upravljanja sredstvima za sufinanciranje projekata organizacija civilnoga društva koji ostvaruju potporu iz fondova Europske unije te provedbe postupka odlučivanja o njihovom sufinanciranju, ugovaranju i praćenju izvršenja ugovornih obveza
